Фамилия Кудунова — женская форма, а мужская — Кудунов. В её основе, скорее всего, лежит прозвище или нецерковное имя Кудун. Чтобы понять его происхождение, нужно заглянуть в диалектную лексику. В южнорусских и украинских говорах «кудун» или «кудон» — это колдун, знахарь, тот, кто «кудит» (ворожит, наводит порчу или, наоборот, лечит заговорами). Слово родственно «кудесник» и «кудесы» (чары). Таким образом, предок носителя фамилии мог быть деревенским ведуном или человеком, за которым закрепилась такая слава.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Кудунов буквально означает «сын Кудуна». Фамилия довольно редкая, что неудивительно: прозвища, связанные с колдовством, давали нечасто — либо из страха, либо из-за неодобрения церкви. Встречается она преимущественно в регионах, где были сильны южнорусские говоры: в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также на Кубани.

Есть и альтернативная, но менее вероятная версия. В некоторых тюркских языках существует слово «кудун» со значением «кобыла» или «жеребёнок». Однако для русской фамилии с суффиксом -ов тюркская основа — скорее исключение, чем правило. Если бы предок был тюркского происхождения, фамилия скорее оформилась бы как Кудунов, но без документального подтверждения (например, записи в ревизских сказках) эта гипотеза остаётся слабой.

Интересно, что однокоренные фамилии — Куделин, Кудесников, Кудинов — встречаются чаще. Кудунов стоит особняком: она сохранила более архаичную огласовку корня, почти исчезнувшую из живого языка. Носителям этой фамилии стоит искать корни в южных губерниях Российской империи, где в XIX веке ещё помнили, кто такой «кудун».