Фамилия Кудунов образована по самой распространённой в русском языке модели — с патронимическим суффиксом -ов, который добавляется к основе, оканчивающейся на твёрдый согласный. Это указывает на то, что в основе лежит прозвище или нецерковное имя Кудун. Вопрос в том, что именно означало это слово.

Самая вероятная версия связывает Кудуна с тюркскими языками, распространёнными в Поволжье, на Урале и в Сибири. В татарском, башкирском и казахском языках есть слово «куду» (коду, куды) — «колодец». Суффикс -ун мог придавать слову значение деятеля или обладателя признака: «Кудун» — тот, кто копает колодцы, либо живущий у колодца, либо имеющий отношение к водоснабжению. Учитывая, что в XVI–XVII веках среди служилых татар, башкир и мещеряков, переходивших на русскую службу, было много людей с тюркскими прозвищами, фамилия Кудунов могла закрепиться за выходцем из тюркской среды, получившим при крещении русское окончание -ов.

Менее распространённая, но возможная версия — от глагола «кудить» в одном из его диалектных значений. В некоторых русских говорах «кудить» означало «курить», «дымить», а также «шалить, проказничать». Тогда «Кудун» — прозвище курильщика, шалуна или человека, который постоянно «наводит дым» (в переносном смысле — ссору, суету). Однако эта гипотеза слабее, так как глагол «кудить» редок, а суффикс -ун в русских прозвищах чаще образует названия по действию (бегун, крикун), но для «кудить» форма «кудун» нехарактерна — ожидалось бы «кудильщик» или «куда».

Географически фамилия Кудунов встречается в основном на юге России, в Поволжье и в Западной Сибири — как раз в зоне активных русско-тюркских контактов. В Оренбургской, Челябинской областях, в Башкортостане и Татарстане она не редкость. Это дополнительно подтверждает тюркскую версию происхождения.

Словообразовательно фамилия проста и прозрачна: корень КУДУН- + суффикс -ОВ. Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Куду́нов, что типично для фамилий с тюркской основой (ср. Бабу́нов, Тугу́нов). Перенос ударения на первый слог (Ку́дунов) возможен, но менее вероятен для данной модели.

Итак, с высокой долей уверенности: предок носителя фамилии Кудунов был либо тюркоязычным человеком, прозванным по колодцу или профессии колодезника, либо, что реже, русским крестьянином с необычным прозвищем Кудун. В любом случае, фамилия редкая и сохранила в себе след давних культурных и языковых связей.