Фамилия Кугаткина — женская форма фамилии Кугаткин. Её основа, скорее всего, связана с названием села Кугатки (или Кугатка), которое находится в Нижегородской области. Такие фамилии, образованные от географических названий с помощью суффикса -ин, — обычная практика для центральной России: они указывали на то, что предок был выходцем или владельцем этой местности. В данном случае «Кугаткин» — это «человек из Кугаток».

Сам топоним Кугатка, по одной из версий, восходит к тюркскому слову «куга» — так в ряде тюркских языков называют камыш, тростник или рогоз. В Поволжье и Приуралье таких названий немало: речки и села с корнем «куга» встречаются в Татарстане, Башкортостане и Чувашии. Прибавка -тка могла быть уменьшительным или адаптированным на русской почве окончанием. То есть Кугатка — это речка или место, заросшее камышом.

Модель образования фамилии Кугаткин — типичная «географическая», с суффиксом принадлежности -ин. В отличие от фамилий на -ов (которые чаще образуются от мужских имён и прозвищ), -ин часто цеплялся к основам, оканчивающимся на -а или -я. В данном случае основа «Кугатк-» дала форму Кугаткин, а женский вариант — Кугаткина.

Сословно носители фамилии могли быть как крестьянами, переселившимися из того самого села, так и, реже, мелкими помещиками, владевшими землями в тех краях. Однако однозначно утверждать что-то без генеалогических изысканий сложно — фамилия редкая и узколокальная.

В написании фамилии стоит обратить внимание на чередование: в основе «Кугатк-» при склонении может звучать твёрдо (Кугаткина), но в исходной мужской форме — Кугаткин. Никаких спорных версий, кроме тюркского корня «куга», у этой фамилии нет — альтернативные объяснения (от личного имени или прозвища) маловероятны, так как имя или прозвище Кугатка нигде не фиксируется.