Фамилия Кугнинов — одна из тех, где на первый взгляд неясно, что стоит в основе: то ли географическое название, то ли прозвище. Её разбор стоит начать с суффиксальной части. Окончание -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: «чей?» — Кугнинов, то есть сын Кугнина. Но сам корень Кугни- в чистом виде в древнерусских именах не встречается, поэтому логичнее предположить, что исходной формой было прозвище Кугня или Кугний.

Ключ к разгадке — диалектное слово «куга». В южнорусских и украинских говорах так называют болотное растение, рогоз или осоку. Человек мог получить прозвище Кугня за худобу, длинные волосы, или, наоборот, за то, что жил у заросшего кугой болота. В пользу этой версии говорит и то, что суффикс -ня в прозвищах (ср. Тихоня, Грязня) часто имел уменьшительно-пренебрежительный оттенок. Фамилии с корнем Куг- (Кугин, Куглов, Кугут) встречаются в воронежских и ростовских архивах, что подтверждает южную географию.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркским словом «куг» — «лебедь» или «кюг» — «песня, напев». В таком случае Кугнинов могло возникнуть в среде татарской или башкирской знати, перешедшей на русскую службу, но суффикс -ин (Кугнин → Кугнинов) в русской модели встречается реже, чем -ов, и здесь он скорее вторичный, от фамилии Кугнин. Без письменных источников XVII века эту версию подтвердить сложно.

Сама фамилия редкая: в современной России она сосредоточена в Поволжье, особенно в Самарской и Ульяновской областях. Это косвенно указывает на переселение крестьян в XVIII–XIX веках из чернозёмных губерний, где болота и куга были привычным ландшафтом. Таким образом, предок Кугниновых, скорее всего, получил прозвище по месту жительства или внешнему сходству с растением, а его дети стали писаться по отцу — Кугниновы.