Фамилия Кугунова — женская форма фамилии Кугунов, и её разбор стоит начать не с корня, а с необычного суффикса. В русских фамилиях суффикс -ов/-ев самый распространённый, но здесь мы видим редкую модель: Кугунов. Основа «Кугун» не похожа на типичное русское имя или прозвище, и это сразу указывает на иноязычное происхождение.

Самая вероятная версия — тюркская основа. В тюркских языках слово «кугун» или «кугун» может означать «лебедь» (сравните с казахским «қу» — лебедь, или с диалектными формами в башкирском и татарском языках). Прозвище Лебедь было очень распространено в русской среде, но здесь оно, скорее всего, пришло напрямую из тюркского именования. В дохристианской и раннехристианской Руси, а также у татар, башкир и других народов Поволжья, имена-тотемы (по названиям птиц, зверей) давали детям для защиты от злых сил. Кугуном могли назвать человека светловолосого, с длинной шеей или просто с плавной походкой.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с калмыцким словом «күгүн» (синий, голубой). В таком случае прозвище могло относиться к человеку с голубыми глазами или к тому, кто носил одежду этого цвета. Калмыцкая гипотеза объясняет и географию фамилии: Кугуновы встречаются в Астраханской области, Калмыкии и на Нижней Волге — регионах, где веками жили калмыки, татары и русские.

Обратите внимание на ударение: в фамилии Кугунов оно обычно падает на второй слог — Кугу́нов. Это тоже косвенно подтверждает тюркский корень, где ударение часто фиксировано на первом или втором слоге, в отличие от русских фамилий, где суффикс -ов часто перетягивает ударение на себя (Ивано́в, Соколо́в).

По сословному происхождению никаких точных данных нет. Кугуновы могли быть как крестьянами (особенно в Поволжье), так и служилыми людьми — например, татарскими мурзами, перешедшими на русскую службу и получившими фамилию по прозвищу. Встречаются Кугуновы и среди донских казаков, что тоже типично для регионов с тюркским субстратом.

Таким образом, фамилия Кугунова хранит в себе древнее тюркское прозвище-тотем, связанное с птицей или цветом, и её носители — потомки людей, живших на стыке русской и степной культур.