Фамилия Кугушева — яркий пример того, как тюркское имя легло в основу русской фамилии. В её основе лежит древнетюркское имя Кугуш. Оно образовано от слова «кугу», которое в чагатайском (староузбекском) языке означало «лебедь», с добавлением уменьшительно-ласкательного аффикса -иш. В булгаро-татарском языке это имя закрепилось в форме Кугеш, а у марийцев встречается схожий вариант. Имя Кугуш до сих пор довольно часто встречается у татар.

Фамилия построена по стандартной русской модели: к основе Кугуш добавили суффикс -ев, который указывает на принадлежность («чей?») — сын Кугуш. Форма Кугушева — женская, от мужской Кугушев. Суффикс -ев (а не -ов) подсказывает, что исходное имя заканчивалось на мягкий или шипящий согласный звук, что и подтверждается формой Кугуш.

Менее вероятная, но не исключённая версия связывает фамилию не с личным именем, а с названием места. В Зеленодольском районе Республики Татарстан существует деревня Кугеш. Документально подтверждено, что она существовала ещё во времена Казанского ханства. Основатель рода мог получить прозвище по месту жительства или выхода — «Кугешский», которое со временем упростилось до Кугушев. Однако первая версия — от имени Кугуш — выглядит предпочтительнее, так как образование фамилий от личных имён было гораздо более массовым процессом, чем от названий деревень.

Процесс формирования русских фамилий длился несколько столетий, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Кугушевых можно лишь на основании глубоких генеалогических изысканий. Но в любом случае, в основе фамилии лежит древний тюркский корень, связанный с образом лебедя.