Фамилия Кугушев происходит от древнетюркского имени Кугуш. Оно образовано от слова «кугу», имеющего в чагатайском (староузбекском) языке значение «лебедь», уменьшительно-ласкательного аффикса -иш. В булгаро-татарском языке это имя имеет форму Кугеш; оно встречается также у марийцев. Имя Кугуш до сих пор довольно часто встречается у татар. Менее вероятно, но не исключено, что основатель рода Кугушевых происходил из деревни Кугеш, расположенной в Зеленодольском районе Республики Татарстан. Документально подтверждено, что эта деревня существовала еще во времена Казанского ханства.