Фамилия Кугушев ведет начало от древнетюркского имени Кугуш. Его основа — слово «кугу», которое в чагатайском (староузбекском) языке означало «лебедь», а суффикс -иш придавал имени уменьшительно-ласкательный оттенок. В булгаро-татарской среде имя бытовало в форме Кугеш, встречалось оно и у марийцев. Имя Кугуш до сих пор остается распространенным у татар.

Таким образом, предок носителя фамилии Кугушев, скорее всего, получил личное имя Кугуш — по тюркской традиции, через сравнение с благородной и красивой птицей. От этого имени и образовалась фамилия по русской модели с суффиксом -ев, что значит «сын (или потомок) Кугуша».

Менее вероятная, но не исключенная версия — топонимическое происхождение. Основатель рода мог происходить из деревни Кугеш, которая расположена в Зеленодольском районе Республики Татарстан. Документально подтверждено, что это селение существовало еще во времена Казанского ханства. Если принять эту версию, фамилия указывает не на личное имя, а на место, откуда человек вышел. Однако имя Кугуш как основа выглядит убедительнее: фамилии от личных имен в тюркской среде встречаются гораздо чаще, чем от названий сел.