Фамилия Кугушина образована от мужской формы Кугушин по стандартной русской модели: к основе фамилии отца или деда добавляли суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей сын?» — Кугушин сын). Сама основа — прозвище или нецерковное имя Кугуша.

Здесь ключевая деталь, которая выделяет эту фамилию среди многих других: корень «куг-» имеет отчетливую финно-угорскую окраску. В языках марийской группы слово «кугу» означает «большой» или «великий». Таким образом, Кугуша — это, скорее всего, прозвище, данное человеку за рост, силу или, возможно, за важную роль в общине. В пользу этой версии говорит география: фамилия Кугушины исторически фиксируется в Поволжье, на территории современных Марий Эл, Татарстана и соседних областей, где веками жили марийцы и другие финно-угорские народы.

Менее вероятно, но тоже возможно, что Кугуша — это производная форма от тюркского имени или прозвища. В тюркских языках встречаются основы «куг» (лебедь) или «кук» (голубой, небесный), однако для фамилии Кугушина связь с марийским «кугу» выглядит и географически, и фонетически более прямой.

Фамилия эта не аристократическая и не дворянская. Её носители — выходцы из крестьянской или мещанской среды, скорее всего, из числа коренного населения Среднего Поволжья. Фамилию зафиксировали при массовой паспортизации в XIX — начале XX века, когда крестьянам давали фамилии по прозвищам их отцов. Так Кугуша, «большой человек», стал родоначальником целого рода Кугушиных.