Фамилия Кугушин — одна из тех, где прозрачная на первый взгляд основа таит в себе сразу несколько возможных значений. Разобраться помогает география: фамилия отчетливо тяготеет к Поволжью и Приуралью, особенно к Башкортостану, Татарстану и соседним областям. Это сразу подсказывает, что корни могут быть не только русскими, но и тюркскими, и финно-угорскими.

Самая вероятная версия — происхождение от тюркского имени или прозвища Кугуш. В чувашском, татарском и башкирском языках «кугу» означает «большой», «великий», «старший». Так могли назвать старшего сына, уважаемого человека или просто рослого, крупного мужчину. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Кугушин буквально значит «сын (или человек) Кугуша». Модель образования типичная для русских фамилий, но основа взята из местного языка — обычное дело на территориях смешанного проживания народов.

Вторая версия, менее распространенная, но тоже имеющая право на существование, — связь с марийским (луговомарийским) словом «кугыжа» — «царь», «князь», «начальник». В марийском языке есть имя Кугыж, а фамилия Кугушин могла возникнуть как его русифицированная форма. Это объясняет бытование фамилии в Марий Эл и среди марийцев.

Третья, чисто русская версия, выводит фамилию от прозвища Кугуша — так в некоторых говорах называли кукушку (от звукоподражания «ку-ку»). Прозвища по птицам давали людям с характерным голосом, привычкой куковать (то есть однообразно говорить) или просто за сходство поведения. Однако эта версия слабее: фамилий от названия кукушки в русском языке гораздо меньше, чем от тюркских имен, и они обычно звучат как Кукушкин, а не Кугушин.

Таким образом, с высокой вероятностью предки Кугушиных — выходцы из тюркской или финно-угорской среды Поволжья, получившие фамилию по имени или прозвищу, означавшему «большой», «старший» или «начальник». Суффикс -ин указывает, что фамилия оформилась уже в русской языковой среде, скорее всего, в XVI–XVII веках, когда крестьяне и служилые люди нерусского происхождения массово получали фамилии по отцу.