Фамилия Кугунёв — одна из тех, что ставит исследователя перед выбором между несколькими, одинаково правдоподобными версиями. Её основа — «Кугун» — не встречается в церковных святцах и не является крестильным именем, а значит, перед нами прозвище или производное от тюркского слова.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркским «кугун» — в ряде диалектов это слово означает «лебедь». Сравните с казахским «қу» (лебедь) или алтайским «куу». Если предок получил прозвище Кугун за белокурые волосы, стать или особую стать, то это типичная для русских степных и южных регионов модель: тюркское прозвище становилось основой для русской фамилии с суффиксом -ёв. Ударение в фамилии падает на последний слог (Кугунёв), что характерно для фамилий, образованных от слов с конечным ударным слогом в основе.

Вторая версия предполагает, что прозвище Кугун могло произойти от диалектного глагола «кугунить» — в некоторых говорах так говорили о человеке, который делает что-то медленно, копается, или же, наоборот, о том, кто громко и протяжно кричит. В этом случае фамилия относилась бы к категории «говорящих» прозвищ по характеру или манере поведения.

Фамилия редкая, её география тяготеет к югу России — Ростовская область, Краснодарский край, Ставрополье, а также к Поволжью. Это совпадает с зоной активных русско-тюркских контактов, где прозвища из тюркских языков легко входили в русский быт. Суффикс -ёв (фонетический вариант -ев после шипящих и мягких согласных) указывает на то, что фамилия оформилась в русской среде не позднее XVII–XVIII веков, когда модель «прозвище + -ов/-ев» стала доминирующей для крестьян и посадских людей.

Сословно Кугунёвы, скорее всего, были крестьянами или однодворцами — потомками служилых людей, нёсших сторожевую службу на южных рубежах. Однодворцы нередко носили фамилии, образованные от прозвищ, и сохраняли их в неизменном виде веками. В отличие от дворянских родов, у Кугунёвых вряд ли была родовая геральдика или разветвлённая генеалогия: фамилия живёт в основном в сельских переписях и метрических книгах.