Фамилия Куишин — редкая и неочевидная для русского уха. Её основа «Куиш» не встречается в современных словарях личных имён и прозвищ, что сразу указывает на возможное иноязычное происхождение. В русской ономастике фамилии на -ин традиционно образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я (Кузьма — Кузьмин, Илья — Ильин), но здесь окончание -ин присоединено к основе, звучащей как «Куиш». Это может говорить о том, что фамилия прошла через адаптацию: исходная форма на -а (например, Куиша) со временем утратила конечный гласный в устной речи, либо перед нами вариант написания экзотической фамилии, переделанный под русскую модель.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркскими или кавказскими корнями. В тюркских языках «куиш» (или «куйыш») может означать «берег», «край», «опушка» — топографическое прозвище для человека, жившего на границе селения или у реки. В осетинском языке есть слово «куыдз» (собака), и форма «Куиш» могла возникнуть как диалектное или искажённое прозвище, но это менее надёжная гипотеза. Встречается также вариант фамилии Куишев — с типичным тюркским суффиксом -ев, что указывает на изначально нерусскую основу. Переход Куишев в Куишин мог произойти при русификации документа в XIX веке, когда писарь «подогнал» фамилию под привычный -ин.

Географически фамилия Куишин встречается в основном в южных регионах России — в Ставропольском крае, Ростовской области, а также в Закавказье. Это подтверждает связь с тюркоязычными или кавказскими народами. Предки носителей фамилии могли быть крестьянами или казаками, получившими прозвище по месту жительства — на «куише», то есть на краю степи или у речного берега. Сословная принадлежность, скорее всего, была крестьянской или мещанской, но из-за редкости фамилии точных данных о дворянских ветвях нет.

Важно не путать Куишина с фамилией Куйшин — последняя происходит от слова «кувшин» (сосуд) и имеет совсем другую историю. Куишин же — это пример того, как при переселении и смене языка фамилия меняла звучание, сохраняя память о ландшафте, где жил её первый носитель.