Фамилия Кукаркина — женская форма от Кукаркин, и её происхождение не так очевидно, как кажется на первый взгляд. Вопреки ожиданиям, основа «кукар-» не связана ни с кукареканьем петуха, ни с курицей. Самая правдоподобная версия выводит фамилию из диалектного глагола «кукаркать» — в некоторых говорах это означало «ворчать», «брюзжать», «говорить невнятно». Человека с таким прозвищем могли так назвать за привычку бормотать себе под нос или за сварливый нрав.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кукаркин — это сын или потомок Кукарки. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и личных имён, оканчивающихся на -а или -я. Если бы основа звучала как «Кукар», фамилия приняла бы форму Кукаров, но наличие суффикса -к- в прозвище (Кукарка) дало именно этот вариант.

Существует и более редкая, локальная версия. В некоторых северных и вятских говорах «кукарка» — это вид деревянной посуды или ковша. Тогда прозвище могло закрепиться за мастером, делавшим такие ковши, или за человеком, который пользовался ими в хозяйстве. Эта гипотеза менее распространена, но имеет под собой реальную диалектную основу — слово «кукарь» в значении «сосуд» фиксируется в архангельских говорах.

Написание фамилии устойчиво: через две буквы «к» в корне и с суффиксом -ин. Встречающийся изредка вариант Кукаркина (с одной «к») — результат опечатки или упрощения на письме, не имеющий отношения к происхождению. Географически фамилия тяготеет к центральным и северным регионам России, где диалектные слова с корнем «кукар-» были в ходу, но массовых очагов концентрации не имеет. Сословных перегородок у фамилии не было: Кукаркины могли быть и крестьянами, и мещанами, и купцами — прозвище не указывало на ремесло или социальный статус напрямую.