Фамилия Кукеев образована от тюркского мужского имени Кукей. Разобраться с её значением помогает словообразовательная модель: к основе «кук» добавляется аффикс -ей, который в тюркских языках придаёт имени уменьшительно-ласкательный оттенок. Сама основа «кук» восходит к древнетюркскому слову со значением «синий». Таким образом, имя Кукей можно перевести как «синенький» или «ласково-синий» — прозвище, возможно, данное по цвету глаз или небесному оттенку.

Однако у фамилии есть и вторая версия происхождения, не менее интересная. По ней, в основе лежит старинное монгольско-тюркско-татарское имя Куке, которое означает «кукушка» (сравните с монгольским «хохээ» — кукушка). В традициях некоторых народов это имя давали единственному, долгожданному ребёнку в семье — как знак особой ценности и редкости, подобно голосу кукушки в степи.

Какая из версий правдоподобнее? Обе имеют право на существование, но первая (от «синего») выглядит более вероятной для широкого круга тюркских языков, где корень «кок/кук» в значении цвета встречается повсеместно. Вторая версия сильнее привязана к монгольскому ареалу и конкретной традиции имянаречения. Фамилия Кукеев фиксируется преимущественно в регионах с тюркским или смешанным населением — например, в Поволжье, на Урале и в Сибири, что косвенно подтверждает её восточное происхождение. Суффикс -ев указывает на русскую модель патронимической фамилии: «сын Кукея» или «потомок Куке».