Фамилия Кукеев образована от тюркского мужского имени Кукей, которое восходит к древнетюркскому слову «кук» — «синий» и словообразовательного аффикса -ей, придающего слову уменьшительно-ласкательное значение. По другой версии, в основе этой фамилии может лежать старинное монгольско-тюркско-татарское имя Куке имеющее значение «кукушка» (от монгольского хохээ - «кукушка»). Обычно это имя давалось единственному ребенку в семье.