Фамилия Кукеев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Кукеев уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Кукеев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Кукеев образована от тюркского мужского имени Кукей, которое восходит к древнетюркскому слову «кук» — «синий» и словообразовательного аффикса -ей, придающего слову уменьшительно-ласкательное значение. По другой версии, в основе этой фамилии может лежать старинное монгольско-тюркско-татарское имя Куке имеющее значение «кукушка» (от монгольского хохээ - «кукушка»). Обычно это имя давалось единственному ребенку в семье. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Кукеев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Кукеев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.