Фамилия Кукеева образована от тюркского мужского имени Кукей, которое восходит к древнетюркскому слову «кук» — «синий» и словообразовательного аффикса -ей, придающего слову уменьшительно-ласкательное значение. По другой версии, в основе этой фамилии может лежать старинное монгольско-тюркско-татарское имя Куке, имеющее значение «кукушка» (от монгольского хохээ - «кукушка»). Обычно это имя давалось единственному ребенку в семье. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Кукеевых можно лишь на основании генеалогических исследований.