Фамилия Кухоенко — редкий пример украинской модели образования с неочевидной основой. Суффикс -енко (в просторечии часто -енко) — типичный для восточной и центральной Украины патронимический формант, означающий «потомок», «сын» или «ученик». То есть Кухоенко — это буквально «сын Кухого» или «маленький Кухой». Вопрос в том, кто такой Кухой.

Здесь возможны два основных объяснения. Первое и самое прямое: основа «кух-» связана со словом «кухня» или глаголом «кухарити» (укр. — готовить, стряпать). В украинских говорах «кухоль» — это кружка, а «кухар» — повар. Прозвище Кухой могли дать человеку, который работал на кухне, любил поесть или, наоборот, был худым, «кухлявым» (от диалектного «кухля» — тощий, хилый). В пользу этой версии говорит то, что фамилии, образованные от названий профессий (Коваленко, Шевченко, Пономаренко), очень распространены, и Кухоенко вписывается в этот ряд.

Вторая, менее очевидная версия, выводит основу из личного имени или прозвища Куха, которое могло быть уменьшительной формой от канонического имени Куприян (лат. Cyprianus) или от славянского имени Кузьма. В старых польских и украинских документах встречается имя Куха как самостоятельное, но его происхождение спорно. Возможно, это остаток древнего языческого имени с корнем «кух» — от слова «куча» (груда, множество), но эта гипотеза слишком шаткая.

Географически фамилия Кухоенко тяготеет к Полтавской, Черкасской и Киевской областям — зоне классического распространения фамилий на -енко. В отличие от распространённых Кухаренко или Кухоренко, вариант Кухоенко встречается редко, что указывает на локальное, возможно, даже односельское происхождение. В XIX веке носители фамилии, скорее всего, были казаками или государственными крестьянами, так как в Малороссии фамилии на -енко редко принадлежали дворянству.

Написание фамилии устойчивое: Кухоенко, с ударением, скорее всего, на последнем слоге (Кухоéнко). В русском языке возможна путаница с фамилией Кухое́нко, но в украинской традиции -енко всегда безударное. Искать в этой фамилии дворянские корни или сложную историю не стоит — перед нами типичное прозвище, закрепившееся за потомками человека, которого в селе знали как Кухого, то есть, вероятно, повара или стряпущего.