Фамилия Кукишев образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Кукишев послужило мирское имя Кукиш. Скорее всего, фамилия Кукишев происходит от мирского имени Кукиш, выполнявшего «охранную» функцию. Кукиш (также — дуля, шиш) - оскорбительный жест, наделяемый эротической символикой и используемый в качестве оберега от нечистой силы и сглаза. У русских при встрече с людьми, пользующимися дурной славой, показывали им кукиш через левое плечо или между ногами. Демонстрировали также кукиш при встрече с колдуном, чтобы парализовать его силу, а также вошедшему в дом — чтобы он не «перебил» работу. Белорусы показывали кукиш при встрече с волком, а хорваты трижды закрещивали кукишем, предварительно на него плюнув, мору, которая мучила ребенка. В народной медицине кукиш использовался как магическое средство при лечении некоторых болезней, в частности «ячменя» на веке. В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители назвали его Кукишем. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Кукиш, со временем получил фамилию Кукишев. О точном месте и времени возникновения фамилии Кукишев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Кукишев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.