Фамилия Кукишев образована от мирского имени Кукиш. Такие имена в дохристианской и раннехристианской русской традиции давали ребёнку не для того, чтобы его обидеть, а с прямо противоположной целью — защитить. Кукиш (его также называют дулей или шишом) — это оскорбительный жест, который в народной культуре наделялся сильным обережным значением. Считалось, что он отгоняет нечистую силу и сглаз. У русских при встрече с людьми дурной славы или с колдуном показывали кукиш через левое плечо или между ногами, чтобы парализовать их вредоносную силу. Вошедшему в дом могли показать кукиш, чтобы он не «перебил» работу хозяев. Белорусы использовали этот жест при встрече с волком, а хорваты трижды закрещивали кукишем, плюнув на него, чтобы защитить ребёнка от моры.

В народной медицине кукиш применяли как магическое средство — например, при лечении «ячменя» на веке. Надеясь, что сын вырастет здоровым и красивым, родители давали ему имя Кукиш. Такой подход к именованию — через слово с мощной охранительной семантикой — типичен для архаичной модели, когда имя служило не столько личным обозначением, сколько амулетом.

Фамилия Кукишев образована по стандартной русской модели: к основе Кукиш- добавился патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягкой основы). Это указывает на то, что предок носителя фамилии был сыном человека по имени Кукиш. Таким образом, фамилия Кукишев — не про оскорбление, а про древнюю веру в имя-оберег, которое должно было уберечь ребёнка от зла.