Фамилия Кукушев образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от прозвища или нецерковного имени через суффикс притяжательного прилагательного -ев. Основа здесь — «Кукуш» или «Кукуша». Чаще всего в основе прозвища лежит название птицы — кукушка. Прозвище Кукушка в старину давали не по повадкам птицы, а по внешним или бытовым признакам: так могли назвать худого, долговязого человека (напоминающего силуэтом кукушку), либо того, кто много и однообразно говорил, «куковал», либо человека с характерным голосом — сиплым или высоким, похожим на крик кукушки. В некоторых говорах «кукуша» означала также неопрятную, небрежно одетую женщину, но для мужского прозвища это значение менее вероятно.

Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «кукуш» — так в некоторых регионах называли вид дикого лука или съедобного растения. Однако эта гипотеза уступает «птичьей» по вероятности: прозвища от названий птиц встречаются в сотни раз чаще, чем от названий трав.

Суффикс -ев указывает на то, что предок носителя фамилии носил имя или прозвище Кукуш (с твёрдой основой). Если бы прозвище звучало как Кукуша, фамилия писалась бы через -ин: Кукушин. Таким образом, Кукушев — «сын Кукуша» или «потомок Кукуша». Фамилия фиксируется преимущественно в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской, Курской и Рязанской губерниях, что характерно для фамилий на -ев, возникших в среде крестьянства и однодворцев.

В отличие от фамилий Кукушкин (также от «кукушка», но через суффикс -ин) или Кукуев (от тюркского имени Кукуй), Кукушев — пример чисто славянской модели, где прозвище не подверглось фонетическим изменениям и сохранило прямую связь с исходным словом. Сословно фамилия не элитарна: в дореволюционных метриках Кукушевы — крестьяне, реже мещане. Известных носителей, оставивших след в истории, по этой фамилии немного, что типично для фамилий, возникших в непривилегированных слоях.