Фамилия Кукушины — одна из тех, что образованы от мирского имени, а не от крестильного. В основе лежит имя Кукуша, которое восходит к слову «кукушка». Такие имена по названиям птиц и животных — древняя славянская традиция: родители верили, что имя-оберег передаст ребёнку часть свойств своего прототипа. Кукушка в народном сознании — фигура двойственная: с одной стороны, она символ материнства и предсказательница (сколько лет осталось жить), с другой — «бездомная» птица, подкидывающая яйца в чужие гнёзда.

Именно из-за этой двойственности у фамилии есть два объяснения. Первое: имя Кукуша давали как ласковое, почти женское прозвище — в говорах «кукуша» и сейчас значит «милая, пригожая женщина». Второе, более мрачное: прозвище Кукуша могла получить вдова или мать, которая по каким-то причинам оставила детей, — отсылка к кукушечьей привычке подкидывать яйца. Вторая версия правдоподобна для тех регионов, где слово «кукуша» фиксируется в значении «брошенный ребёнок» или «женщина, бросившая семью», но подтвердить её для конкретных носителей фамилии без генеалогического исследования невозможно.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кукушин буквально значит «сын Кукуши». Такая модель типична для фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. Фамилия фиксируется в разных областях России, но чаще всего встречается в бывших новгородских и псковских землях, где мирские имена держались дольше, чем в центральных уездах. В документах XVII века попадаются крестьяне Кукуши — например, в переписных книгах Обонежской пятины. Это косвенно подтверждает, что фамилия сформировалась не в дворянской, а в крестьянской или посадской среде.

О точном времени возникновения фамилии Кукушины говорить сложно: процесс шёл веками, и в разных ветвях одного рода фамилия могла закрепиться в разное время. Ясно одно: перед нами не случайное прозвище, а устойчивое родовое именование, которое прошло путь от языческого имени-оберега до официальной фамилии, записанной в метрических книгах и ревизских сказках.