Основой фамилии Кукушин послужило мирское имя Кукуша. Фамилия Кукушин восходит к мирскому имени Кукуша, которое восходит к слову «кукушка». Вероятно, родители, нарекая своего ребёнка таким именем, рассчитывали на то, что кукушка станет покровительствовать их ребёнку в будущем и передаст ему часть своих качеств. Слово «кукушка» используется как ласковое обращение к женщине. Однако не следует исключать возможность того, что в основу фамилии Кукушин легло прозвище Кукуша, данное вдове или матери, покинувшей своих детей. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Кукуша, со временем получил фамилию Кукушин.