Фамилия Кукушин — одна из тех, что образована от мирского имени, а не от крестильного. В её основе лежит имя Кукуша, которое, в свою очередь, восходит к названию птицы — кукушке. В древнерусской традиции такие «птичьи» имена были распространены: родители могли назвать ребёнка Кукушей, веря, что птица станет его покровителем и передаст ему свои черты.

Разберём, какие именно качества могла символизировать кукушка. С одной стороны, это ласковое обращение к женщине, что указывает на нежность или заботу. С другой — в народной культуре кукушка ассоциируется с материнством, но не всегда благополучным: «кукушка, покидающая гнездо» — устойчивый образ женщины-матери, бросившей детей. Поэтому не исключено, что прозвище Кукуша могли дать вдове или матери, оставившей семью, и это значение могло перейти в фамилию.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кукушин буквально значит «сын Кукуши» или «человек из рода Кукуши». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. В ономастике это стандартный вариант, описанный, в частности, в работах Б. Унбегауна.

Географически фамилия Кукушин не привязана к одной местности — она встречается в разных регионах России, что говорит о её давнем и повсеместном бытовании. Редких вариантов написания или диалектных особенностей у неё нет, зато есть однокоренные фамилии: Кукушкин, Кукуев, Кукунов. Все они идут от того же птичьего корня, но с разными суффиксами, что показывает, насколько вариативной была народная антропонимия.