Фамилия Кукушина образована от мирского имени или прозвища Кукуша, корень которого — слово «кукушка». В древнерусской традиции такие «птичьи» имена были распространены: родители могли назвать ребёнка Кукушей, веря, что птица станет его покровителем и наделит особыми чертами. Однако у этого имени есть и другая, более мрачная сторона. Кукушкой в народе нередко называли женщину, бросившую детей, — вдову или нерадивую мать. Слово использовали и как ласковое обращение к женщине, что добавляет прозвищу двойственности.

Модель образования фамилии типична для русского севера и центральных областей: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Кукушин, то есть сын или потомок Кукуши). Если основа мужского рода (Кукуша), фамилия легко встраивается в ряд аналогичных: Кукушкин, Кукуев, Кукунов. Интересно, что фамилия Кукушина — женская форма, но в основе лежит именно мужское прозвище или имя, а не прямое обращение к женщине. То есть носительница фамилии — потомок человека по прозвищу Кукуша.

Слово «кукушка» в русских говорах имело и переносные значения: так могли назвать болтливого человека или того, кто любит переезжать с места на место (куковать). Но для фамилии Кукушина наиболее вероятна связь именно с личным именем-оберегом. В дохристианской Руси такие имена давали, чтобы обмануть злых духов: ребёнок с «нечеловеческим» именем считался менее уязвимым. Со временем имя Кукуша забылось, а фамилия осталась — и сегодня она встречается в основном на северо-западе России и в Поволжье.