Фамилия Кукушенко звучит нарочито по-украински, но её корень может удивить: он не столько «птичий», сколько охранительный, детский. Суффикс -енко (в украинской традиции — «маленький», «сын» или «ученик») указывает на то, что фамилию дали по отцу или по прозвищу первого носителя. Основа же — «кукуш» — не обязательно отсылает к птице кукушке.

В украинских говорах «кукуш» или «кукуша» — это не только лесная птица, но и ласковое, уменьшительное обращение к ребёнку, особенно к тому, кто много плакал, хныкал («кукукал»). В этом смысле Кукушенко — потомок человека, которого в детстве прозвали Кукушем за привычку плакать или за тихий, жалобный голос. Такие прозвища давали не в обиду, а как домашнее, семейное имя, которое потом закреплялось в документах.

Вторая, менее распространённая версия: «кукуш» могло быть искажением имени Кузьма (Кузьма → Кузька → Кукуш). В народной этимологии часто «перекраивали» крестильные имена до неузнаваемости, а потом от этого варианта образовывали фамилию. В таком случае Кукушенко — «внук» или «сын» некоего Кукуша, то есть Кузьмы.

Географически фамилия тяготеет к центральным и левобережным областям Украины — Черкасской, Полтавской, Киевской, где суффикс -енко исторически был основным способом образования фамилий у крестьян и казаков. В российских переписях Кукушенко встречается реже и чаще всего как след переселения с Украины в XVIII–XIX веках.

Сословного барьера у фамилии не было: её могли носить и казаки, и крестьяне, и мещане. Никакой связи с птицей-кукушкой как символом одиночества или гадания тут нет — это поздняя литературная ассоциация. Прямое значение прозвища было бытовым и, скорее всего, беззлобным.