Фамилия Кукушов образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от прозвища или нецерковного имени через суффикс притяжательного прилагательного -ов. Основа здесь — «кукуш», то есть кукушка. Вопрос в том, за что именно предка так прозвали.

Самое прямое объяснение — внешнее или поведенческое сходство с птицей. В русских говорах «кукушкой» называли не только саму птицу, но и человека с определёнными чертами. Чаще всего — худого, долговязого или сутулого, с вытянутой шеей. Реже — нелюдимого, одинокого человека, который «кукует» бобылём. Есть и другая версия, не столь очевидная: в некоторых диалектах «кукушкой» иронично величали торговца, который менял товар или занимался мелкой перепродажей (от глагола «куковать» в значении «менять, промышлять»). В этом случае фамилия могла указывать на род занятий, а не на внешность.

Если отбросить прозвище, остаётся вероятность, что фамилия пошла от нецерковного имени Кукуш. Такие «птичьи» имена (Сокол, Воробей, Соловей) были в ходу у славян до повсеместного внедрения христианских имён. Их давали как обереги или по языческой традиции — чтобы ребёнок перенял свойство птицы. Например, считалось, что имя Кукушка (Кукуш) защитит от сглаза или принесёт долголетие.

С точки зрения географии, фамилия Кукушов встречается рассеянно, без ярко выраженного «гнезда». Чаще попадается в Поволжье и на Урале, что говорит о её относительно позднем закреплении — в XVII–XVIII веках, когда шло активное заселение этих земель. В центральных областях она редка, что косвенно подтверждает: фамилия не из древних боярских или дворянских родов, а из крестьянской или посадской среды.

Интересно, что у фамилии есть близкие «родственники» — Кукушкин и Кукуев. Кукушкин образован от той же основы, но с другим суффиксом (-ин), что типично для фамилий от имён и прозвищ на -а/-я. Кукуев же идёт от другой диалектной формы — «кукуй» (кукушка). Разница в суффиксах говорит о том, что прозвища записывали по-разному в зависимости от местного говора и грамотности писаря.