Фамилия Кокушина образована от прозвища или мирского имени Кокуша, и её значение напрямую связано с птицей — кукушкой. В основе лежит диалектное слово «кокуша», которое в разных русских говорах означало «кукушка» или «наседка». Второе значение, «наседка», могло относиться к заботливой, домовитой женщине или, напротив, даваться в насмешку человеку суетливому и хлопотливому. Прозвища по птицам были распространены на Руси: они могли указывать на внешность (например, долгоносый, как кукушка), на голос (крикливый, монотонный) или на особенности поведения.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кокушина — это «дочь или жена Кокуши». В крестьянской среде фамилии на -ин чаще всего давались по имени или прозвищу отца, поэтому предком носительницы фамилии мог быть человек по прозвищу Кокуша. Мужской вариант — Кокушин — встречается чаще, а Кокушина — это его женская форма, закрепившаяся за родом.

Интересно, что слово «кокуша» имело и переносное значение: в некоторых регионах так называли женщину, которая много и попусту говорит, «кукует». Это сближает фамилию с однокоренными Кукушкин и Кокушкин, но Кокушин стоит особняком из-за редукции гласного. В старых документах, например в писцовых книгах XVI–XVII веков, встречаются записи о крестьянах Кокушах — это были свободные люди, часто из северных или центральных уездов России.

Географически фамилия Кокушина тяготеет к северо-западным и центральным областям России, особенно к бывшим Новгородской и Вологодской губерниям, где диалектное слово «кокуша» было в ходу. Встречается она и на Урале, куда переселенцы принесли прозвище с собой. Социальный состав носителей был в основном крестьянским, реже — мещанским, что типично для фамилий, образованных от прозвищ, а не от канонических имён.