Фамилия Кокушкин образована от мирского имени или прозвища Кокушка. В основе — слово «кокушка», которое в литературе XVIII века, например, у Сумарокова в притче «Кокушка», употреблялось как синоним «кукушки». Давая ребёнку такое «птичье» имя, родители надеялись, что природа примет его как своего, а самому малышу передадутся полезные качества этого представителя животного мира. Крик кукушки в народе считался предзнаменованием: от несчастий и замужества до подорожания товаров. Этой птице отводилась роль посредника между миром живых и мёртвых.

Однако значение могло быть и иным. Слово «кокушка» нередко использовали как ласковое обращение к женщине. В то же время прозвище Кокушка могли дать вдове или нерадивой матери, покинувшей детей — здесь срабатывала аналогия с кукушкой, подкидывающей яйца в чужие гнёзда.

Фамилия Кокушкин бытовала в разных социальных слоях. Известны нетитулованные дворяне Кокушкины, ведущие род от Василия Кокушкина; их семейный герб помещён в первую часть «Общего гербовника дворянских родов Всероссийской Империи». Другая известная ветвь — иваново-вознесенская династия текстильных фабрикантов Кокушкиных. Фамилию, по распространённой модели на -ин, получил потомок человека по имени или прозвищу Кокушка.