Фамилия Кокушкины образована от мирского имени или прозвища Кокушка. В русских говорах и литературе XVIII века так называли кукушку — слово «кокушка» встречается, например, в притче Сумарокова. Давая ребёнку имя по птице, родители верили, что природа примет его как своего, а сам он перенят полезные черты этого живого существа. В народных поверьях крик кукушки считался предзнаменованием важных событий: замужества, болезни, смерти или даже перемены цен на товары, а сама птица выступала посредницей между миром живых и мёртвых.

Однако у фамилии есть и другая, бытовая версия происхождения. «Кокушкой» могли назвать вдову или мать, покинувшую детей, — это прозвище, скорее укоризненное, чем ласковое. В любом случае, суффикс -ин указывает на принадлежность: Кокушкин — это «сын Кокушки» или «человек из рода Кокушки».

Среди носителей фамилии были разные сословия. Часть Кокушкиных — нетитулованное дворянство, ведущее начало от Василия Кокушкина; их герб помещён в первую часть «Общего гербовника дворянских родов Всероссийской империи». В документах упоминается и иваново-вознесенская династия текстильных фабрикантов Кокушкиных — яркий пример того, как фамилия, начавшаяся с деревенского прозвища, закрепилась за купеческой семьёй.

Точное время и место появления фамилии Кокушкин установить сложно: фамилии на Руси складывались веками, и одно и то же прозвище могло независимо закрепиться в разных регионах. Тем не менее, в основе её лежит живое народное слово, и это делает фамилию не просто родовым знаком, а отражением крестьянского быта, верований и языка.