Фамилия Кокушева образована от мужского прозвища или имени Кокуш. В основе лежит тюркское слово «кокуш» — так в ряде тюркских языков называют кукушку или птицу с сизым (голубоватым) оперением. В переносном смысле прозвище Кокуш могли дать человеку за особый голос, манеру поведения или за цвет глаз — серо-голубой, сизый.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Кокушев — сын Кокуша. Такая модель типична для русских фамилий, возникших из тюркских прозвищ в XVI–XVII веках, когда русское население активно контактировало с татарами, башкирами и другими народами Поволжья и Урала. Географически фамилия Кокушева чаще всего встречается в регионах с сильным татарским и башкирским влиянием — в Оренбургской, Челябинской областях, в Башкортостане и Татарстане.

Существует и менее распространённая версия: в некоторых русских говорах «кокуш» означало «петух» или «курица» (от звукоподражания «ку-ку» или «ко-ко»). В этом случае прозвище могло относиться к человеку драчливому, горластому или задиристому. Однако тюркское происхождение выглядит более убедительным, поскольку фамилия имеет чёткую ареальную привязку к регионам тюрко-славянского пограничья.

Родственные фамилии — Кокушкин, Кокушов — встречаются реже, но образованы от той же основы. В дворянских родословных книгах фамилия Кокушевы не зафиксирована: это крестьянская или мещанская фамилия, что подтверждается её массовостью в сельских районах Поволжья.