Фамилия Кукиева — женская форма фамилии Кукиев. Её основа, скорее всего, восходит к тюркскому прозвищу или имени Куки. В тюркских языках слово «кук» (или «кёк») означает «небо», «голубой», «синий», а также «корень» или «основание». Прозвище Куки могли дать человеку с голубыми глазами, либо, что встречается реже, указывать на его происхождение («коренной», «местный»). Суффикс -ев в мужской форме указывает на принадлежность: «сын Куки» или «человек из рода Куки».

Словообразовательная модель проста и типична для русских фамилий тюркского происхождения: к основе Кук- добавляется суффикс -и- (фонетически адаптированный вариант тюркского аффикса принадлежности) и затем русский патронимический суффикс -ев. Фамилия Кукиев/Кукиева не имеет отношения к славянскому корню «кука» (кулак, горе) или к слову «кукиш» — это чисто тюркская основа, прошедшая через русскую фамильную модель.

Встречается фамилия преимущественно в регионах с тюркским населением: на Северном Кавказе (особенно у карачаевцев, балкарцев, кумыков), в Поволжье (татары, башкиры) и в Закавказье. В русской среде она редка и, как правило, указывает на смешанные браки или ассимиляцию. В ономастических трудах, например в работах А. Суперанской, подобные фамилии рассматриваются как пример адаптации тюркских антропонимов в русской системе — с сохранением исходного корня, но с изменением суффиксации.

Известных носителей фамилии немного, и они не образуют устойчивого дворянского или купеческого рода. В дореволюционных источниках фамилия не фиксируется в высших сословиях — это, скорее всего, фамилия крестьянского или мещанского происхождения, возникшая в XIX веке при массовой паспортизации. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Ку́киева или Куки́ева — это зависит от местной традиции произношения.