Фамилия Кукшев — редкий случай, когда основа, скорее всего, не русская, а финно-угорская. Модель образования проста: суффикс -ев присоединился к основе Кукш-. Такое окончание типично для фамилий, образованных от прозвищ или имен на мягкий согласный или шипящий.

Корень «кукш» напрямую отсылает к марийскому слову «кукшо» — «сухой». В тюркских языках Поволжья есть похожие корни со значением «сухой, высохший». Прозвище Кукш мог получить либо сухощавый, худой человек, либо кто-то, живший на сухом, безводном месте. Версия с карельским «кукко» (петух) для фамилии Кукшев маловероятна: от неё пошли бы Кукковы или Кукконены.

В русских документах XVII–XVIII веков, особенно в Вятской и Казанской губерниях, встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Кукша. Это не имя, а именно прозвище, которое закрепилось за родом. Фамилия Кукшев — типично северо-восточная, связанная с зоной расселения марийцев и удмуртов, где русские фамилии часто вбирали местную лексику.

В отличие от фамилий на -ин, которые чаще образовывались от основ на -а/-я (Кукшин — от Кукша), форма на -ев указывает на то, что исходное имя или прозвище звучало как Кукш — без конечного гласного, что характерно для адаптации иноязычных слов в русской среде. Таким образом, Кукшев — не крестильная фамилия, а прозвищная, географически привязанная к Вятско-Камскому региону.