Фамилия Кукшуков нечастая, но её происхождение прослеживается достаточно уверенно, без сложных загадок. В её основе лежит тюркское слово «кукшук» — так в некоторых тюркских языках, например в киргизском и казахском, называли небольшую птичку, чаще всего синицу или пеночку. Прозвище Кукшук могли дать маленькому, вертлявому или говорливому человеку — по ассоциации с птицей.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую модель образования фамилий от прозвищ или имён, оканчивающихся на твёрдый согласный. То есть Кукшуков — буквально «сын (или потомок) Кукшука». Интересно, что в отличие от фамилий на -ин, образованных от основ на -а/-я, здесь использован именно патронимический суффикс -ов, что говорит о достаточно позднем оформлении фамилии (XVII–XIX века), когда тюркские прозвища уже адаптировались под русскую грамматику.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где русское население долго и плотно контактировало с тюркскими народами: Поволжье, Урал, Южное Приуралье. Встречается она и у башкир, и у татар, и у русских, что неудивительно — прозвище было понятным в многоязычной среде. В некоторых случаях Кукшуков могло быть и искусственной фамилией, данной при крещении или переписи, но основная версия — прозвищная, от птичьего имени.

Стоит упомянуть, что в русских говорах слова «кукша», «кукшак» тоже известны — так в некоторых диалектах называли ворону или галку. Но в фамилии Кукшуков более вероятен именно тюркский след, потому что суффикс -ук в основе нехарактерен для славянских прозвищ, а в тюркских языках это обычный уменьшительный формант. Таким образом, предок носителя фамилии Кукшуков, скорее всего, получил своё прозвище за сходство с юркой, шумной птицей — и это прозвище закрепилось в роду, пройдя через русскую модель фамилии.