Фамилия Кукшина — женская форма, образованная по простой и прозрачной модели: к основе мужской фамилии Кукшин добавили окончание -а. В центре внимания, таким образом, оказывается мужской вариант Кукшин, а он, в свою очередь, типичная «патронимическая» фамилия на -ин. Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — «Кукшин», то есть сын Кукши.

Основа Кукша — это древнерусское нецерковное имя или прозвище. В словарях древнерусских имён, например, у С. Б. Веселовского, имя Кукша встречается в документах XV–XVI веков. Означало оно, скорее всего, птицу — кукшу. Кукша (или ронжа) — это лесная птица из семейства врановых, родственная сойке и кедровке, обитающая в северных лесах Евразии. Прозвище могли дать человеку за какой-то внешний признак (пёстрый, крикливый, суетливый) или за манеру поведения. В северных говорах слово «кукша» имело и переносное значение — нелюдимый, угрюмый или неопрятный человек. Таким образом, предок-носитель фамилии Кукшин мог получить своё прозвище от окружающих по одному из этих признаков.

Географически фамилия Кукшина (и Кукшин) наиболее характерна для русского Севера и Поволжья, где птица кукша — обычный обитатель тайги. Встречается она и в старинных новгородских и вятских землях, что подтверждается данными переписей. Интересно, что существует и редкая версия, связывающая основу Кукша с крестильным именем Константин в его уменьшительной форме (Кузя, Кука, Кукша), но это менее вероятно: птичье прозвище было распространено шире и оставило больше следов в ономастике.

Если говорить о социальном контексте, то фамилия Кукшин (и, соответственно, Кукшина) не принадлежала к высшим слоям общества. Это фамилия крестьян, посадских людей, иногда — служилых людей «по прибору» (стрельцов, пушкарей). В боярских или дворянских родословных она не фиксируется. Так что предки современных Кукшиных с высокой долей вероятности жили на севере или северо-востоке Руси, занимались земледелием или промыслами, а свою фамилию получили от прозвища, данного за сходство с лесной птицей или за характер.