Фамилия Кукшинова — это отчество второго порядка, то есть «внук Кукши» или «сын Кукшина». В её основе лежит мирское имя Кукша, которое было широко распространено на Руси до введения обязательных христианских имён. Само слово «кукша» обозначает небольшую лесную птицу из семейства врановых, родственницу сойки и кедровки, обитающую в таёжной зоне. Давая ребёнку такое имя, родители следовали древней славянской традиции: они надеялись, что природа примет младенца как своего, а вместе с птичьим именем к нему перейдут ловкость, осторожность или способность приспосабливаться к суровой среде.

Есть и другая версия, более прозаичная: в некоторых говорах «кукшей» называли неуклюжего, нерасторопного человека. В этом случае фамилия пошла бы от прозвища, а не от имени-оберега.

Отдельного внимания заслуживает исторический контекст. Имя Кукша носил один из самых известных древнерусских миссионеров — преподобный Кукша Печерский, инок Киево-Печерского монастыря. Во второй половине XII века он проповедовал христианство среди вятичей на берегах Оки и был за это убит язычниками. Его память церковь чтит 27 августа. Сказание о нём сохранилось в «Послании Симона Владимирского к Поликарпу» — важном памятнике древнерусской агиографии. Именно благодаря этому святому имя Кукша не кануло в Лету, а осталось в святцах, хотя и в статусе редкого, неканонического.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Кукшин), а финальное -ова — это уже русское фамильное окончание, закрепившееся в женском роде. Таким образом, Кукшинова буквально означает «дочь (или жена) Кукшина». Фамилия редкая, географически тяготеет к северным и центральным областям России — там, где водится птица кукша и где исторически жили вятичи.