Фамилия Кукшин образована от имени или прозвища Кукша, а не напрямую от названия птицы. У этого корня есть как минимум два объяснения, и оба стоит рассмотреть, чтобы понять, кто мог быть вашим предком.

Прямое значение слова «кукша» — лесная птица из семейства врановых, похожая на сойку. В древнерусской традиции мирские имена, взятые от названий птиц, давали неслучайно: родители верили, что имя-оберег передаст ребёнку свойства животного или птицы. Кукша — птица осторожная, но живучая в суровом климате, поэтому имя могло символизировать приспособляемость и выживаемость. Так что первый вариант: предок Кукшиных носил нецерковное имя Кукша, которое позже закрепилось в фамилии через суффикс -ин (чей? — Кукшин).

Вторая версия опирается на словарь Владимира Даля, где «кукша» означает шелуху, скорлупу, лузгу, кожуру на плодах и зернах. В этом случае прозвище Кукша могли дать человеку, который занимался обмолотом зерна или отделением шелухи — то есть был занят на подсобных работах в сельском хозяйстве или на мельнице. Суффикс -ин здесь работает так же: указывает на принадлежность к роду того, кого прозвали Кукшей.

Какая из версий правдоподобнее? Обе имеют право на существование, но в ономастике чаще встречается переход названия птицы в личное имя, чем прозвище по шелухе. Однако полностью исключать «рабочую» версию нельзя — в крестьянской среде прозвища по роду занятий были обычным делом.

Фамилия Кукшин встречается в разных регионах, но есть конкретное документальное подтверждение: в Книге памяти Кемеровской области записан плотник Кукшин Василий Игнатьевич, родившийся в 1895 году в деревне Ново-Архангельская Ишимского района Томского округа Новосибирской области. Эта запись показывает, что носители фамилии жили в Сибири, занимались плотницким ремеслом, а сама фамилия к началу XX века уже прочно закрепилась как наследственная.

Интересная деталь: фамилия Кукшин — редкая по сравнению с однокоренными Кукшев или Кукшинский. Суффикс -ин указывает на древнюю модель образования от имён на -а/-я, что типично для северных и восточных русских говоров. Так что географически корни фамилии стоит искать именно там, где говорят на «оканье» и где сохранялись старые мирские имена.