Основой фамилии Кукшин послужило мирское имя Кукша. Мирское имя Кукша восходит к аналогичному нарицательному. Кукшей называют птицу семейства врановых отряда воробьинообразных. Давая младенцу такое имя, как Кукша, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребенка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделена эта птица. Согласно другой версии, в основе фамилии лежит прозвище Кукша, которое ведет сове начало от слова «кукша». Даля трактуется как «шелуха, скорлупа, лузга, кожура на плодах, орехах, зернах». Исходя из этого, можно предположить, что предок Ккшиных занимался отделением зерен от шелухи. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Кукша, со временем получил фамилию Кукшин. Так, в Книге памяти Кемеровской области упоминается плотник Кукшин Василий Игнатьевич, родившийся в 1895 году в деревне Ново-Архангельская Ишимского района Томского округа Новосибирской области.