Фамилия Кукшинов — отчество второго порядка, то есть её прямой смысл: сын Кукшина, внук Кукши. В основе лежит мирское имя Кукша, которое давали до повсеместного распространения календарных имён. Само слово «кукша» обозначает небольшую лесную птицу из семейства воробьиных, близкую к сойке. Родители, называя так ребёнка, следовали древней славянской традиции: через имя надеялись передать малышу качества живого существа — в данном случае осторожность, подвижность или способность приспосабливаться к лесной чаще.

Есть и бытовая версия происхождения. В некоторых говорах «кукшей» называли неопрятного, небрежно или неуклюже одетого человека. Если прозвище закрепилось, оно могло перейти в фамилию, минуя имя-оберег. Установить точный источник без генеалогических документов конкретной ветви невозможно, но обе версии имеют под собой реальную языковую почву.

Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Кукшин), а последующее -ов добавляет ещё одну ступень родства. Такая двойная патронимическая форма характерна для русских фамилий, которые оформились в XVI–XVII веках в среде служилых людей и крестьян. Фамилия Кукшинов встречается преимущественно в центральных и северных областях России, что косвенно подтверждает ареал обитания птицы кукши и бытование слова в северных говорах.