Основой фамилии Кукшинов послужило мирское имя Кукша. Фамилия Кукшинов — это отчество второго порядка: Кукшинов — сын Кукшина — внук Кукши. Она образована от мирского имени Кукша, которое восходит к аналогичному слову. Кукша — это птица из семейства воробьиных. Давая младенцу такое имя, как Кукша, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделён избранный представитель животного или растительного мира. Согласно другой версии, в основе фамилии лежит прозвище Кукша, которым прозвали неопрятного, неуклюже одетого человека.