Фамилия Куконенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках захватила Поднепровье, Слобожанщину и южные русские земли. Суффикс -енко в ту эпоху был не отчеством в привычном смысле, а указанием на сына, ученика или младшего члена семьи: Куконенко — «маленький Куконь» или «сын Кукона». Такая форма в XVIII веке считалась признаком казацкой или мещанской среды, где фамилии только закреплялись, а не передавались по наследству веками, как у шляхты.

Основа фамилии — прозвище Куконь. Его происхождение спорно, но самая убедительная версия связывает его с диалектным украинским «кука» — кулак. Куконем могли прозвать драчуна, задиру или человека с сильными руками. Вторая гипотеза выводит прозвище из глагола «кукати» — куковать, то есть тосковать или жить бобылём. В таком случае Куконь — грустный, одинокий человек. Третья, менее вероятная версия, возводит основу к тюркскому «кук» — синий, голубой, что могло указывать на цвет глаз или одежды, но для украинского антропонимикона это скорее исключение.

Географически фамилия тяготеет к Полтавской, Черниговской и Киевской областям — классическому ареалу фамилий на -енко. В России она встречается реже, в основном на Кубани и в Воронежской области, куда переселялись малороссы в XIX веке. Интересно, что в русских переписях фамилию могли записывать как Куконенков, добавляя русский патронимический суффикс -ов к уже готовой украинской основе, — типичная бюрократическая адаптация.

Сословно Куконенко — фамилия недворянская. В реестрах запорожских казаков и в метрических книгах сельских церквей такие фамилии встречаются у казаков, мещан и крестьян. Дворянских родов с этой фамилией нет в гербовниках, что подтверждает её простонародное происхождение.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Куконов, Куконь, Куконя — Куконенко самая поздняя по форме и самая «украинская». В ней нет твёрдого окончания на -ов, которое выдавало бы северное или московское происхождение. Это надёжный маркер: предки носителя фамилии жили в зоне украинского антропонимического влияния и, скорее всего, говорили на украинском говоре.