Фамилия Куконин на первый взгляд кажется простой, но при ближайшем рассмотрении таит в себе как минимум две версии происхождения, и обе ведут к прозвищам из живой народной речи.

Самая прямая и очевидная основа — слово «куконя». В русских говорах так называли куклу, свёрток или нечто свёрнутое, а иногда — неопрятного, закутанного человека. Прозвище Куконя могли дать либо ребёнку, любившему играть в куклы, либо взрослому, который ходил в мешковатой, плохо сидящей одежде. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Куконин — «сын Кукони» или «человек из семьи Кукони». Такая модель типична для прозвищных фамилий центральной России.

Вторая версия, менее распространённая, но не менее интересная, отсылает к глаголу «куконить» — в некоторых диалектах это означало «ворчать», «брюзжать» или «говорить невнятно». Если так, то Куконя — прозвище ворчливого или неразборчиво бормочущего человека. Слово редкое, и в письменных источниках почти не фиксируется, но в устной традиции могло сохраняться веками.

География фамилии подтверждает её корни в северо-восточных и центральных областях России. Наибольшая концентрация Кукониных — в старых писцовых книгах по Владимирской, Костромской и Нижегородской губерниям. Это регионы, где диалектная лексика была особенно богата, а прозвища закреплялись за целыми семьями.

Редкость фамилии (в современных телефонных справочниках её носителей — единицы на миллион) говорит о том, что исходное прозвище было локальным, не вышло за пределы узкого круга деревень. Сравните с однокоренными Куклин (от «кукла»), Кукарин, Куканов — у них другие суффиксы и, возможно, другие корни. Куконин стоит особняком: суффикс -ин при основе на -я — признак того, что прозвище было личным, а не родовым по отцу.

Таким образом, предок носителя фамилии Куконин, скорее всего, жил в одном из сёл Верхнего Поволжья и получил прозвище либо за любовь к игрушкам, либо за манеру одеваться, либо за ворчливый нрав. Точнее сказать трудно — слишком мало письменных свидетельств, но ясно одно: фамилия не книжная, не искусственная, а родившаяся из живого разговора.