Фамилия Куконина — женская форма фамилии Куконин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Куконя. В русских говорах слово «куконя» имело несколько значений, и чтобы понять, кем был предок, нужно разобраться в контексте.

Самая вероятная версия связана с диалектным глаголом «куконить» — делать что-то медленно, копаться, возиться. В этом случае Куконей могли прозвать медлительного, неторопливого человека, либо того, кто любил долго сидеть над работой. В некоторых областях «куконя» означала также куколку, кокон — отсюда могло пойти прозвище для маленького или тщедушного человека.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Куконин — «сын Кукони». Модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, где основа чаще мужского рода, здесь исходное слово было женского или общего рода, что для прозвищ не редкость.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных регионах России, особенно в костромских и вятских говорах, где слово «куконить» было распространено. Редкая альтернативная версия — от тюркского «кукун» (голубь), но она маловероятна: географическое бытование фамилии не совпадает с зоной тюркского влияния.

Сравните с однокоренными фамилиями Куконяев, Куконников — у них та же основа, но разные суффиксы. Куконин — самая прямая и древняя форма, без дополнительных словообразовательных наращений.