Фамилия Кукоин — редкий пример, где основа, скорее всего, не славянская, а тюркская. Если отбросить типичный русский суффикс принадлежности -ин, остаётся корень Кукой. В тюркских языках «кук» (или «кёк») означает «небо», «голубой», «синий», а также «корень» или «основание». Самая вероятная версия: Кукой — это прозвище человека с голубыми глазами или светлыми волосами, что для тюркских народов было отличительной чертой и давало меткое прозвище. Суффикс -ин в данном случае работает по стандартной русской модели: «чей?» — Кукоин, то есть «сын или потомок Кукоя».

Менее распространённая, но не лишённая оснований гипотеза связывает фамилию с диалектным словом «кука» — кулак или что-то сжатое, скрюченное. Тогда Кукой могли прозвать человека с цепкой хваткой или физическим изъяном руки. Однако тюркская версия выглядит убедительнее, учитывая, что фамилия с таким корнем встречается в регионах, где исторически был силён тюркский субстрат — в Поволжье, на Урале, в южных областях России.

Обратите внимание на суффикс -ин, а не -ов. Он указывает, что основа — слово мужского рода, оканчивающееся на -ой или -ай (Кукой, Кукай). В русской ономастике фамилии на -ин часто образовывались от прозвищ или имён, заканчивающихся на гласный, и это дополнительно подчёркивает, что прозвище было живым и употребительным в быту.

Встречаются и варианты написания с «а» — Кукаин. Это может быть как диалектное произношение (аканье), так и самостоятельная фамилия, образованная от другого тюркского корня «как» — твёрдый, крепкий. Но для фамилии Кукоин исходная форма через «о» более устойчива.

Однокоренных фамилий в русском языке практически нет, что делает Кукоина уникальным случаем. Сословная принадлежность предков не прослеживается: Кукоины могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми, получившими прозвище за внешность или характер. Точных дат и известных носителей в открытых источниках не зафиксировано — фамилия остаётся локальной и малочисленной.