Фамилия Кукотин образована от прозвища Кукота. Оно, возможно, происходит от диалектного слова «кукотка», которое в тверских говорах имеет значение «кудель», т.е. Скорее всего, Кукота относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на род занятий человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Кукота, со временем получил фамилию Кукотин.