Фамилия Кукотина — женская форма фамилии Кукотин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Кукота. В основе лежит древнерусское слово «кукота», которое в разных говорах имело два основных значения: «куча, ворох» и «суета, хлопоты, беспокойство». Прозвище Кукота могли дать либо человеку суетливому, хлопотливому, либо тому, кто жил в достатке, имел «кучу» добра. Вторая версия менее распространена, но не менее правдоподобна: в некоторых диалектах «кукота» — это курица-наседка, и прозвище могло быть дано за внешнее сходство или заботливый, опекающий характер.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Кукоты). Географически фамилия встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях, где диалектное слово «кукота» было в ходу. Встречается также вариант Кукотин, который более распространён, а Кукотина — его редкая женская параллель, которая закрепилась как самостоятельная фамилия.

Спорных версий немного. Иногда фамилию пытаются связать с украинским «кукіт» (крик петуха) или с тюркскими корнями, но это маловероятно: суффикс -ин и бытование в северных русских говорах указывают на славянскую основу. Если и есть заимствование, то только через диалектное слово, давно обрусевшее.

В целом, предки носителей фамилии Кукотина — скорее всего, крестьяне из северных или центральных губерний, получившие прозвище по характеру или бытовой черте. Фамилия недворянская, нечастотная, но с прозрачной внутренней формой, что позволяет довольно уверенно реконструировать её исходное значение.