Фамилия Кукобин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, связанное с особенностью человека. Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), а корень Кукоб- восходит к прозвищу Кукоба. В русских говорах, особенно северных и вологодских, «кукоба» или «кукобка» означала нечто согнутое, скрюченное, горбатое, а также человека сгорбленного, сутулого или старого. Есть и глагол «кукобиться» — горбиться, корчиться, сжиматься.

Вторая, менее вероятная версия, связывает фамилию с диалектным словом «кукоб» в значении «скряга», «скупой человек». Прозвища по скупости были распространены, но семантика «согнутости» встречается чаще и органичнее ложится в основу прозвища, описывающего внешность.

Фамилия Кукобин — редкая. Она почти не встречается в центральных и южных регионах России, но имеет очаги бытования в Вологодской, Архангельской и Кировской областях. Именно в этих краях, где говор сохранил архаичные слова, прозвище Кукоба могло закрепиться за человеком. По сословной принадлежности предки Кукобиных, скорее всего, были государственными крестьянами или посадскими людьми — прозвища, данные по внешности, чаще встречались именно в непривилегированных слоях, где фамилии закрепились позже, в XVIII–XIX веках.

Интересно, что фамилия Кукобин не имеет однозначного «родственника» среди более известных фамилий. В отличие от Кузнецова или Иванова, её трудно с кем-то перепутать. Это делает её ценной для генеалогов: при поиске предков Кукобиных почти наверняка речь идёт об одной ветви, а не о множестве носителей из разных мест.