Фамилия Кукобина — женская форма фамилии Кукобин, и её происхождение напрямую связано с мужской основой. Сама фамилия Кукобин, скорее всего, образована от прозвища или мирского имени Кукоба. В русской ономастике суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Кукобин», то есть сын или потомок Кукобы.

Что могло означать слово «кукоба»? В диалектах русского языка, особенно в северных и центральных областях, «кукоба» — это нечто сгорбленное, скрюченное, а также человек с изогнутой спиной, горбун. В говорах Вологодчины и Архангельской земли «кукобить» означало «гнуть, клонить, мять». Прозвище Кукоба могли дать человеку сутулому, низкорослому или тому, кто ходил согнувшись от работы. Другая, менее вероятная версия связывает «кукобу» с глаголом «куковать» — жить одиноко, бобылём, но фонетически это менее убедительно.

Фамилия Кукобин (и, соответственно, Кукобина) — редкая. Она не входит в списки ста самых распространённых русских фамилий и встречается точечно, преимущественно в Вологодской, Кировской и Костромской областях. Эта география подтверждает севернорусское происхождение: именно в этих краях слово «кукоба» было в ходу и давало жизнь прозвищам.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Кукобин — типичный пример отпрозвищной фамилии на -ин, где основа не является крестильным именем (как в случае с Иванов или Петров). Такие фамилии часто сохраняют бытовую лексику, которая уже вышла из употребления. В данном случае «кукоба» — архаизм, и носительницы фамилии Кукобина, по сути, хранят в своей фамилии память о диалектном слове, описывающем внешность или характер далёкого предка.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Кукобин стоит в одном ряду с Кукобовым (от той же основы, но с суффиксом -ов, что говорит о другой модели образования) и более редким Кукобиным. Разница в суффиксах (-ин и -ов) может указывать на разные регионы или время возникновения: на севере чаще использовали -ин, на юге — -ов.