Фамилия Кукученко — яркий пример украинской фамилии, созданной по продуктивной модели с суффиксом -енко. В украинской ономастике этот суффикс — уменьшительный и одновременно патронимический: он указывал на «малого», «сына» или «потомка» человека, названного в основе. Прозвище Кукука, от которого всё пошло, могло звучать и как Кукук — в диалектах южнорусских и украинских земель конечное -а нередко отпадало в мужских прозвищах.

Самая очевидная версия происхождения прозвища — звукоподражательная. Кукукой или кукушкой (от «ку-ку») могли назвать человека, который часто повторял это слово, подражал птице, либо имел привычку напевать один и тот же мотив. В народной культуре кукушка — птица неоднозначная: с одной стороны, с ней связывали ворожбу (сколько прокукует — столько лет жизни), с другой — считали символом одинокой матери или плакальщицы. Поэтому прозвище Кукука могло достаться человеку угрюмому, задумчивому или, наоборот, бойкому и голосистому — в зависимости от контекста.

Менее распространённая, но возможная версия — от уменьшительной формы личного имени. В старых актах встречается имя Кука (Куко) как производное от Кузьмы или Константина. Если так, то Кукука — это вторичное уменьшительное с удвоением корня (Кука → Кукука), а Кукученко — уже «внук» или «сын» Кукуки.

Географически фамилия Кукученко тяготеет к левобережной Украине — историческим Полтавщине, Черниговщине, Слобожанщине. Это зона, где суффикс -енко доминировал абсолютно, вытеснив русские -ов и -ин. Именно там в XVII–XVIII веках казацкая старшина и крестьяне массово обзаводились такими фамилиями. В России фамилия встречается реже, чаще всего как результат миграции украинцев в XIX–XX веках.

С точки зрения социального статуса, Кукученко не указывает на дворянское происхождение: в подавляющем большинстве это крестьянская или казачья фамилия. Никаких громких исторических родов с ней не связано, что типично для прозвищных фамилий на -енко без книжной или церковной основы.