Фамилия Кукуджанов — редкий случай, когда о происхождении можно говорить почти с полной уверенностью, но при этом сама история оказывается неочевидной. Вопреки интуиции, корень здесь не в птице «кукушке» и не в детской игре. Фамилия тюркская, и её основа — имя Кукуджан, которое образовано слиянием двух компонентов: «куку» и «джан».

Слово «джан» в тюркских языках (особенно в азербайджанском, турецком, узбекском) означает «душа», «жизнь» или употребляется как ласковое обращение, вроде «дорогой», «милый». Первая часть «куку» сложнее. Это не «кукушка» (для птицы в тюркских языках обычно другое слово — «гугук», «көкек»). Скорее всего, «куку» здесь восходит к тюркскому «кёк» (голубой, небесный, синий) или к «кюкю» (уменьшительно-ласкательное от «кёк»). Таким образом, Кукуджан можно перевести как «небесная душа», «лазурная жизнь» или «голубчик, душенька». Имя-пожелание, распространённое в семьях, где ребёнка хотели одарить небесной чистотой или красотой.

Суффикс -ов в конце — типичный русский патронимический формант, который добавили при русификации фамилии. Это произошло в XIX — начале XX века, когда многие народы Кавказа, Закавказья и Средней Азии, попадая в состав Российской империи, получали фамилии по русской модели: к имени отца прибавляли -ов или -ев. Кукуджанов буквально значит «сын Кукуджана» или «из рода Кукуджана».

Географически фамилия тяготеет к Азербайджану и Дагестану, реже встречается у народов Средней Азии. Носители — потомки тех, кто носил личное имя Кукуджан, которое затем закрепилось как фамильное. В отличие от многих русских фамилий, образованных от крестильных имён или профессий, эта сохранила в основе восточное имя-комплимент, что делает её уникальным свидетельством межкультурного обмена.