Фамилия Кукышкин — редкий случай в русской ономастике, где основа вызывает споры, а суффикс намекает на нестандартную модель образования. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, здесь мы видим суффикс -ин, который в русском языке обычно присоединялся к основам на -а, -я (Кузьмин, Ильин) или к прозвищам, оканчивающимся на согласный, но с усечением. В случае Кукышкина основа «Кукышк-» явно восходит к прозвищу Кукышка или Кукыш, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Кукышкин, то есть «сын Кукышки».

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с диалектным словом «кукыш» — в некоторых русских говорах (северные и сибирские) так называли кукиш, фигу, то есть жест, выражающий отказ или насмешку. Прозвище Кукышка могли дать человеку насмешливому, язвительному или, наоборот, тому, кто часто показывал кукиш в спорах. Менее вероятна, но возможна связь с тюркским «кук» (синий, небесный) или «кукуш» (кукушка), но для фамилии Кукышкин это звучит натянуто: суффикс -ышк- скорее уменьшительно-ласкательный в русском языке (ср. «голышка», «малышка»), а не тюркский.

Интересно, что фамилия практически не встречается в центральных и южных областях России. По данным современных телефонных справочников и баз переписи, Кукышкины сосредоточены в основном в Кировской области и Пермском крае — зоне бытования севернорусских говоров, где слово «кукыш» действительно фиксировалось диалектологами. Это подтверждает версию о местном прозвище, а не о заимствовании.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Кукин, Куканов, Куклин — показывает, что Кукышкин стоит особняком. Кукин чаще всего от имени Кука (производное от Николай или Кузьма), Куканов — от тюркского имени Кукан, а Куклин — от прозвища Кукла. У Кукышкина же основа намеренно грубоватая, просторечная, что для русских фамилий не редкость: вспомните Нагишкин (от «нагиш»), Голышкин (от «голыш»). Социально предки Кукышкина, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по уличному прозвищу, которое закрепилось за семьей в XVII–XVIII веках. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Таким образом, Кукышкин — это фамилия-прозвище, родившаяся на севере России и сохранившая в основе диалектное слово, которое сегодня почти забыто. Носитель такой фамилии может быть уверен: его предки не носили титулов, но имели характер.