Фамилия Кукушкин — одна из так называемых «птичьих» фамилий, но её значение не сводится к простому сравнению с лесной птицей. В основе лежит мирское имя или прозвище Кукушка. Называя ребёнка Кукушкой, родители могли рассчитывать, что птица станет его покровителем и передаст часть своих качеств. Однако у этого прозвища была и тёмная сторона: на Руси «кукушкой» нередко называли беззаботную мать, покинувшую детей, или вдову. Существовало и другое бытовое значение — так могли прозвать человека, который постоянно говорил что-то невпопад. Слово «кукушка» также использовали как ласковое обращение к женщине, но в основе фамилии чаще лежит именно прозвищный, а не уменьшительно-ласкательный смысл.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Кукушкин, то есть сын или потомок Кукушки. Такая модель характерна для фамилий, произошедших от прозвищ и мирских имён, оканчивающихся на -а/-я. В ономастическом словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные «птичьи» фамилии (Соколов, Воробьёв, Соловьёв) разбираются как одни из самых древних и распространённых, но Кукушкин стоит особняком — из-за двойственного смысла прозвища. В отличие от Соколова, где основа однозначно указывает на силу или охотничью птицу, Кукушкин мог нести ироничную или даже укоризненную окраску, что делает фамилию социально более пёстрой по происхождению.

Географически фамилия Кукушкин встречается повсеместно, но чаще — в центральных и северных областях России, где мирские имена держались дольше. Встречаются и варианты написания: Кукушкин, реже Кукушкинъ (в дореволюционных записях). Потомок человека, носившего прозвище Кукушка, со временем получал фамилию Кукушкин, и сегодня она не редкость, хотя её носители вряд ли задумываются, что их предка могли назвать так не за любовь к лесу, а за непостоянство или неосторожное слово.