Фамилия Кукушкины — один из самых узнаваемых примеров «птичьих» фамилий в русском языке. В основе лежит нарицательное «кукушка», но сводить всё к лесной птице было бы неверно. Ономасты (в частности, Б. Унбегаун в своём «Русских фамилиях») отмечают, что прозвище Кукушка на Руси было многозначным и далеко не всегда комплиментарным.

Помимо прямого значения, существовало переносное: «кукушкой» называли беззаботную мать, которая оставляет детей. В некоторых говорах так говорили о человеке, который постоянно говорит невпопад или повторяет одно и то же — «кукует». Таким образом, прозвище Кукушка мог получить и болтливый, и рассеянный, и тот, кого считали плохим родителем.

Словообразовательная модель проста: фамилия Кукушкин образована с помощью суффикса -ин, который в русской традиции указывал на принадлежность («чей?» — сын Кукушки). Это патронимическая фамилия, закрепившаяся за потомком человека по прозвищу Кукушка. Форма множественного числа «Кукушкины» — либо указание на целый род, либо фамилия в форме родительного падежа, характерная для документов XIX века.

Интересно, что фамилия не имеет географической привязки к конкретному уезду — она встречается повсеместно, от северных до южных областей. Это говорит о том, что прозвище было распространённым и не зависело от местного диалекта. В отличие от фамилий на -ский, которые часто указывали на дворянское происхождение или владение землёй, Кукушкины — типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где прозвища давали по внешним признакам, поведению или случайным ассоциациям.