Фамилия Кукушкина — одна из так называемых «птичьих» фамилий, но её значение не сводится к лесной птице. В народной культуре кукушка — образ сложный и противоречивый. На Руси это слово могло закрепиться за человеком как прозвище, и причины для этого были разные. Основой фамилии послужило мирское имя Кукушка — нецерковное, данное в быту. Родители, называя так ребёнка, могли рассчитывать на покровительство птицы и надеялись, что она передаст младенцу свои качества. Однако «кукушкой» называли и зловещего человека, и беззаботную мать, покидающую детей, и того, кто говорит пустое, глупое, неуместное. Нельзя исключать, что прозвище Кукушка давали вдове или нерадивой матери, оставившей своих детей. Кроме того, слово «кукушка» в народе использовали как ласковое обращение к женщине — это тоже могло стать источником прозвища. Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Кукушк- добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Кукушкин). В женском роде она закрепилась как Кукушкина. Так потомки человека с прозвищем или мирским именем Кукушка со временем получили эту фамилию.