Основой фамилии Куничкин послужило мирское имя Куничка. Мирское имя Куничка, вероятно, восходит к украинскому нарицательному «кунича» - «маленькая куница», то есть «небольшое хищное животное с ценным светло-коричневым пушистым мехом». Давая младенцу такое имя, как Куничка, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребенка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделена куница. Возможно также, что в основе фамилии Куничкин лежит не мирское имя, а прозвище Куничка – так могли прозвать человека, занимавшегося пушным промыслом. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Куничка, со временем получил фамилию Куничкин.